Table 3. Primer sequences and PCR conditions for detection of antibiotic resistance genes in L. plantarum KU15149 (KU15149) and L. brevis KU15176 (KU15176)

Antibiotics Target gene Primer sequence (5’→3’) Tm (°C) Size (bp) KU15149 KU15176
Ampicillin blaZ ACTTCAACACCTGCTGCTTTCTAGGTTCAGATTGGCCCTTAG 50 240 1)
bla CATARTTCCGATAATASMGCCCGTSTTTAACTAAGTATSGY 51 297
Chloram-phenicol catA GGATATGAAATTTATCCCTCCAATCATCTACCCTATGAAT 50 486
cat TTAGGTTATTGGGATAAGTTAGCATGRTAACCATCACAWAC 48 300
Clindamycin Inu(A) GGTGGCTGGGGGGTAGATGTATTAACTGGGCTTCTTTTGAAATACATGGTATTTTTCGATC 55 323
Inu(B) CCTACCTATTGTTTGTGGAAATAACGTTACTCTCCTATTTC 54 925
Erythromycin ereA AACACCCTGAACCCAAGGGACGCTTCACATCCGGATTCGCTCGA 50 420
ereB AGAAATGGAGGTTCATACTTACCACATATAATCATCACCAATGGCA 50 546
Erm(B) GAAAAGGTACTCAACCAAATAAGTAACGGTACTTAAATTGTTTAC 52 639
Erm(B)-1 CATTTAACGACGAAACTGGCGGAACATCTGTGGTATGGCG 52 405
Erm(C) TCAAAACATAATATAGATAAAGCTAATATTGTTTAAATCGTCAAT 52 642
Gentamycin aac(6’)-aph(2’’) CCAAGAGCAATAAGGGCATACACTATCATAACCACTACCG 60 220
aac(6’)-aph(2’’La CAGAGCCTTGGGAAGATGAAGCCTCGTGTAATTCATGTTCTGGC 58 348
Kanamycin aph(3’)-I AACGTCTTGCTCGAGGCCGCGGGCAAGATCCTGGTATCGGTCTGCG 68 670
aph(3’)-III GCCGATGTGGATTGCGAAAAGCTTGATCCCCAGTAAGTCA 60 292
Streptomycin aadA ATCCTTCGGCGCGATTTTGGCAGCGCAATGACATTCTTG 56 282
aadE ATGGAATTATTCCCACCTGATCAAAACCCCTATTAAAGCC 50 565
ant(6) ACTGGCTTAATCAATTTGGGGCCTTTCCGCCACCTCACCG 53 597
Tetracycline tet(M) GGTGAACATCATAGACACGCCTTGTTCGAGTTCCAATGC 52 401
tet(M)-1 GTTAAATAGTGTTCTTGGAGCTAAGATATGGCTCTAACAA 55 576
tet(K) TCGATAGGAACAGCAGTACAGCAGATCCTACTCCTT 55 348
tet(K)-1 TTAGGTGAAGGGTTAGGTCCGCAAACTCATTCCAGAAGCA 55 697
tet(K)-2 TTATGGTGGTTGTAGCTAGAAAAAAGGGTTAGAAACTCTTGAAA 55 348
tet(Q) AGCGTCAAAGGGGAATCACTATCCCGGCGGGGTTGGCAAATA 55 1,000
Vancomycin vanE TGTGGTATCGGAGCTGCAGGTCGATTCTCGCTAATCC 52 513
vanX TCGCGGTAGTCCCACCATTCGTTAAATCATCGTTGACCTGCGTTAT 55 454 2)+
not detected.
detected.